Jest to jeden z bardziej wymagających zabiegów, którym zajmuje się chirurg stomatolog. Wykonuje się go, gdy korzenie zębowe psuja się, a inne środki leczenia nie skutkują. Lekarz musi dokładnie sprawdzić w jakiej kondycji są korzenie i wtedy może uznać konieczność ich usunięcia. Dzięki temu powstrzymuje się rozwój choroby. Innym powodem usunięcia jest też korzeń, który przebił się powyżej poziomu kości. Nie powinien jednak wyłaniać się dalej, niż na jeden minimetr.
Przed rozpoczęciem zabiegu stosuje się znieczulenie miejscowe. Jest to potrzebne, ponieważ aby dotrzeć do korzenia, chirurg stomatologiczny nacina dziąsło, by je otworzyć. Czasami korzenie są ze sobą złączone, wtedy niezbędne jest zastosowanie piły żeby je rozdzielić. Bywa tez tak, że konieczne jest przycięcie zęba. Wszystko uwarunkowane stopniem postępu choroby i scalenia korzeni oraz ułatwionego lub utrudnionego do nich dostępu. W pojedynczych wypadkach zabieg ten odbywa się pod narkozą, jednak dochodzi do tego tylko we właściwie zaopatrzonych klinikach i wyjątkowych sytuacjach. Po zabiegu przez najbliższe dwie godziny trzeba wstrzymać się od spożywania posiłków i aplikować zimne okłady. Zwiększa się wtedy ryzyko powstawania zakażeń, z tego powodu pacjent, w razie potrzeby, dostaje przypisane antybiotyki i leki przeciwbólowe.