Resekcję wierzchołka korzenia wykonuje się, kiedy nie ma możliwości powtórzenia leczenia kanałowego lub kiedy zmiany okołowierzchołkowe mu się nie poddały. Leczy on rozwinięty stan zapalny, którego objawami mogą być nieznośne bóle, nasilające się podczas nagryzania. Wtóruje im obrzęk polika, uwypuklenia na dziąśle i czasami nawet  gorączka. Dochodzi do zapalenia poprzez reakcję organizmu na bakterie, znajdujące się w kanale korzeniowym. Resekcja dokładnie oczyszcza kanał, poprzez zlikwidowanie jego uszkodzonej części.

Chirurg stomatologiczny na wstępie podaje znieczulenie miejscowe, co oznacza, że zabieg jest całkowicie bezbolesny. Dyskomfort i lekkie bóle występują dopiero z czasem, ze względu na gojenie się rany, powstałej na skutek otwarcia tkanki miękkiej w pobliżu korzenia. Umożliwia to odsłonięcie kości i zlikwidowanie zakażonej lub zapalnie zmienionej tkanki, razem z wierzchołkiem korzenia. Dodatkowo dla uszczelnienia, kanał wypełnia się przeznaczonym do tego cementem (MTA). Pozostałe ubytki kostne, wypełnia się biomateriałem. Na koniec chirurg stomatologiczny okrywa to miejsce specjalną membraną. Po operacji zaleca się używanie  zimnych okładów i spożywanie chłodnych posiłków i napojów, najlepiej o rzadkiej konsystencji, aby nie nasilić krwawienia. Należy się również stosować do zaleceń i brać wszystkie leki w określonych przez stomatologa dawkach.