Chociaż leczenie kanałowe jest bardzo dokładnym zabiegiem, a dentysta endodonta, który robi leczenie kanałowe, korzysta z mikroskopu, zdarza się, że ciężko jest dostać się do każdego z odnóg zębowego kanału. W takiej sytuacji potrzebna jest chirurgiczna resekcja zęba. Zabieg polega na dojściu do pominiętej części zębowego kanału, gdzie mieści się zakażenie. By dotrzeć do kości dentysta nacina śluzówkę. Tak może dokładnie ocenić ząb oraz wyciąć objęte chorobą elementy. W chwili, gdy kanał jest już dokładnie oczyszczony napełnia go dentystycznym cementem.

Podobnie jak do endodoncji, obecnie w gabinetach dentystycznych, chirurg dentysta przeprowadza resekcję zęba korzystając z mikroskopu. Dzięki temu, taki zabieg jest wyjątkowo precyzyjny oraz pozwala dentyście dotrzeć do wszelkich odnóg zębowego kanału. Przeważnie już po paru dniach od przeprowadzenia leczenia, dentysta może zdjąć pacjentowi szwy. To, czy wszystko potoczyło się pomyślnie, można ocenić, po upływie kilku tygodni, a tego gruntownym wyznacznikiem będzie brak dolegliwości bólowych.

Często resekcja zęba nieunikniona jest, kiedy dentysta nie może dotrzeć do zęba. Na przykład ze względu na budowę kanału. Czasem jest tak, że dookoła zainfekowanej tkanki znajduje się torbiel albo ropień . Wtedy nie ma możliwości dojścia do zęba przez zabieg endodontyczny. Chirurg dentysta doradzi co będzie najlepsze.